Das Seemuseum Võrtsjärv liegt in den Räumlichkeiten des Limnologiezentrums der Estnischen Universität für Lebenswissenschaften. Das Ziel der Aktivitäten des Museums besteht darin, die Besucher über die Entwicklung des Sees und die darin lebenden Arten zu informieren. In den Aquarien können Sie die in den estnischen Seen und Flüssen auftretenden Fische, Wasserpflanzen und Bodentiere und im Mikroskop die kleinsten Planktonorganismen sehen. Im unbelebten Teil der Ausstellung finden Sie Fischfanggerät (sowohl älteres als auch neueres), eine Darbietung von Urfischen und Fischversteinerungen sowie von Forschungsmitteln für Gewässer. Weiterhin können Interessierte sich auch mit Beispielen der größten Süßwasserweichtiere und der Vogelwelt des Sees Võrtsjärv bekannt machen. In der Anlage mit dem Seemuseum ist ein Konferenzsaal zur Durchführung von Vorlesungen und Seminaren ausgebaut, ein Café für die Besucher, eine Souvenirtheke, eine Touristeninformation und ein Spielbereich für Kinder.